発酵食品の製造は食品を発酵・熟成させて品質を高める目的で行われています。

発酵食品の製造の際に活用されている微生物を食品微生物と言います。
食品微生物にはカビ類や酵母類、細菌類の３つの種類があります。

かつお節はカビ類（青カビ）の食品微生物の活用によって香りづけされています。

みりんはカビ類（こうじカビ）の食品微生物の活用によってデンプンを糖化した糖分が溶け込んでコクや甘味を引き出します。

みそはカビ類（こうじカビ）や酵母、細菌（乳酸菌）これらすべての関与によって製造されています。

漬物は酵母と細菌（乳酸菌）の関わり合いで酸味や風味を形成し保存性を高めています。